Ayer estuve probando la signature/Cobain y la Classic Player SS y HH. Me quedo, de momento, con la SS.
La 50 aniversario y la Jaguar 62 llevan single coils diferentes, me imagino que mejores. Pero no se pueden pillar éstas para ponerselas a una SS MIM no? :-/
La Kurt/Signature es un cañón!!!! 
Si buscas el sonido "clasico jaguar" la reedicion de fender siempre será la opcion mas acertada (reedicion 62 USA / classic player MIM).
Si buscas un sonido o caracteristicas muy especificas(maderas, medidas, pastillas, etc...) y las hay en una hibrido o en alguna signature, esa sería la opcion
Y si buscas una edicion limitada, por aquello de lo coleccionable que pueda ser. puedes buscar una aniversario. (normalmente las aniversario de fender no tienden a ser mas clasicas que una reedicion, sino mas bien tienden a ser un hibrido entre lo moderno y lo vintage)
Mi recomendacion es que si te vas por un modelo no busques plantearte modificarlo, al menos inicialmente; Ya que gastaras mucho mas y hasta puedes quitarle valor a la guitarra.
En el caso de un cambio de pastillas si me parece bien, pero debes saber bien cual sonido especifico quieres antes de cambiarlas.
Y recuerda que aqui no se trata de "unas pastillas mejores o peores"..."se trata de acercarte al sonido que buscas"...no necesariamente "algo mas caro es mejor"...
Saludos