Bueno existen ciertas normas y definiciones para la organización de pedales. En breve saldrá algo publicado en ISP al respecto.
En cualquier caso, estoy deacuerdo con Cuqui pues es el oído el que finalmente dicta que es lo mejor, acuerdo a tus preferencias.
Parece lógico que , como se comenta arriba, has de pensar en si quieres que el segundo (tercer, cuarto) pedal conectado actue sobre el anterior. Por ejemplo, si ubicas la puerta de ruido el primero, no actuara como filtro sobre las distorsiones o pedales más ruidosos. Supongo que el orden lógico es el de pensar.... por ejemplo, si quieres que un wah, actue sobre la distorsión, la distorsión deberá ir primero. El lio está en que tal vez si el wah actua antes que el distorsionador tampoco notes mucha diferencia o incluso te guste más. Hay pedales claros, como la puerta o el compresor, pues deben acotar frecuencias de pedales anteriores....
Pese a que se publicará, como decia, la teoría de orden de pedales en breve, yo haría pruebas de dos en dos, o de tres en tres hasta ir definiendo tu cadena propia.