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Wavelab o Sound forge son algunas de las opciones más conocidas.
La idea al masterizar es tratar la mezcla final. Eliminar picos, normalizar, estabilizar el volumen de todo el pasaje, comprimir, eliminar ruidos, expandir o dar presión si hiciera falta, realizar una ecualización general sobre el resultado final del tema que has exportado desde tu DAW etc..
Encontrarás diversos articulos en ISP sobre el tema. También algunos bancos de pruebas sobre software específico www.ispmusica.com/infedicion.asp